Wenn bislang keine schädlichen Wirkungen beschrieben wurden, deutet dies nicht auf das Fehlen von Gesundheitsrisiken hin. Einige Fütterungsstudien mit gentechnisch veränderten Nahrungspflanzen an Tieren geben Hinweise auf Veränderungen an Zellen/Zellkernen und Organsystemen. Bei Mäusen, die mit Genmais gefüttert wurden, kam es zu signifikanten Beeinträchtigungen der Fruchtbarkeit und Veränderungen im Immunsystem. Dies muss Anlass genug sein, unter dem Blickwinkel des vorbeugenden Verbraucherschutzes, mögliche Gesundheitsgefährdungen ernst zu nehmen.
Zum Beispiel werden folgende Gesundheitsauswirkungen diskutiert
- Nahrungsmittelallergien: Sie treten bei immer mehr Menschen auf. Weltweit ist beispielsweise eine starke Zunahme von Sojaallergien zu beobachten. Da mit Einführung der gentechnisch veränderten Sojapflanze (GV-Soja) als Nahrungsmittel keine begleitenden Langzeitstudien durchgeführt wurden, bleibt es unklar, ob die Zunahme auf den verstärkten Einsatz und Verzehr von Soja generell oder speziell auf die GV-Soja zurückzuführen ist.
- Für Allergiker wird es zunehmend schwierig, "ihr" Allergen zu meiden. Künftig können infolge der Genübertragung Allergene in Lebensmitteln auftreten, in denen sie zuvor nicht enthalten waren. So kann die Übertragung von Erdnussgenen auf Weizen für Erdnussallergiker bedeuten, dass sie nun auch auf diesen Weizen allergisch reagieren. Die für solche Fälle vorgeschriebene zusätzliche Kennzeichnung verhindert nicht, dass die Palette der unproblematischen Lebensmittel für Allergiker somit immer mehr eingeschränkt wird. Ebenso können Gene aus Pflanzen eingebaut werden, die bislang nicht als Lebensmittel genutzt wurden. Hier gibt es somit keine Erfahrungen, ob sie allergen wirken.
- Zudem werden durch die Gentechnik mehr und auch neue Enzyme in der Lebensmittelverarbeitung eingesetzt, was das Allergierisiko ebenfalls erhöht. Genaue Prognosen über das Allergiepotenzial von Proteinen lassen sich nicht vornehmen, außerdem kann ein bekanntes Protein in einem neuen Umfeld (zum Beispiel in einer gentechnisch veränderten Pflanze) ein ganz anderes Verhalten zeigen als bisher beobachtet. Auch ist nicht ausgeschlossen, dass aufgrund der Genübertragung völlig neue Proteine entstehen. Für diese unbekannten Proteine sind die Vorhersagen zur Allergenität schwierig bis unmöglich.
- Antibiotika-Resistenzen: In gentechnisch veränderte Nutzpflanzen werden aus technischen Gründen immer noch Antibiotikaresistenz-Gene eingebaut, obwohl es weniger riskante Methoden gibt. Insbesondere der massenhafte Anbau bzw. Verbrauch solcher Pflanzen erhöht die Gefahr, dass Antibiotikatherapien beim Menschen wirkungslos werden könnten. Nach dem Gentechnikgesetz soll berücksichtigt werden, dass die Verwendung dieser Pflanzen schrittweise eingestellt wird. Anfang März 2010 wurde die gentechnisch veränderte Amflora-Kartoffel, mit einer Resistenz gegen Kanamycin, durch die Europäische Kommission zugelassen. Kanamycin ist ein wichtiges Antibiotikum bei Tuberkulose. Zwar soll diese Kartoffel nur für industrielle Zwecke eingesetzt werden und deren Reste zur Verfütterung dienen, doch bereits die Erfahrungen mit Versuchsfeldern haben gezeigt, dass es zu einer Vermischung mit konventionell hergestellten Kartoffeln kommen kann. Nach zwei Jahren hat der Hersteller, BASF, die Vermarktung der Amflora-Kartoffel in Europa aufgegeben. Als Grund nennt das Unternehmen fehlende Akzeptanz in der Öffentlichkeit. Fest steht jedoch auch, dass es unter den Kartoffelzüchtern große Widerstände gab.